Core Facilities
 Geräteausstattung
Proteinbiochemie
Die Core Facility verfügt über 1 ÄKTA Purifier und 1 ÄKTA FPLC System für die chromatographische Aufreinigung von Proteinen. Eine Vielzahl von Säulen (verschiedene Anion- und Kationtauscher, Gelfiltration, Affinitäts, HIC- und Metallchelat-Säulen) steht für die Entwicklung von Aufreinigungsstrategien und Etablierung präparativer und analytischer Methoden zur Verfügung.
Für die analytische und präparative Auftrennung von Peptiden über reversed-Phase-HPLC steht ein SMART-System (Pharmacia) zur Verfügung.
Massenspektrometrie
Waters® nanoACQUITY UPLC™ System
Das nanoAcquity UPLC (Ultra performance Liquid Chromatography) ermöglicht höchste Sensitivität, Auflösung und Reproduzierbarkeit bei Auftrennungen im Kapillar- und Nano-Maßstab. Das System arbeitet ohne Flow-Split, wodurch eine weitaus bessere Reproduzierbarkeit der Elutionszeiten (typischerweise +/- 0,1 min) gegenüber konventionellen Systemen erreicht wird. Das System ist für die Verwendung von nanoACQUITY UPLC Säulen mit inneren Durchmessern von 75 µm bis 320 µm bei Flussraten von 200 nl/min bis 5 µl/min ausgelegt. In Verbindung mit neuen 1,7 µm Säulenmaterialien kann hierbei eine um den Faktor 3 erhöhte Sensitivität und eine um den Faktor 2 erhöhte Auflösung im Vergleich zu konventionellen nano-HPLC erreicht werden.
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| Das Waters Protein Expression LC/MS/MS System beinhaltet das Q-Tof Premier™ Massenspektrometer, nanoAcquity™ HPLC/UPLC™ System, MassLynx™, Expression und ProteinLynx™ Global SERVER 2.2 Software. |
Q-Tof Premier Massenspektrometer
Das Waters Q-Tof Premier Massenspektrometer ist ein Hybrid-Orthogonal-Acceleration Time-of-Flight (oa-ToF) Massenspektrometer, das eine automatisierte exakte Massenbestimmung von Precursor- und Fragmentionen erlaubt und daher eine exaktere Datenbanksuche erlaubt. Es bietet signifikante Verbesserungen in Massengenauigkeit, dynamischem Bereich (pDRE™), Empfindlichkeit (Enhanced Duty Cycle) und Geschwindigkeit.
Software und datenbankgestütze Identifizierung von Peptiden und Proteinen
Die Core Facility ist mit der Software MassLynx 4.1 und dem ProteinLynx Global Server 2.2 ausgestattet, einem Programm, das eine Plattform für die Acquisition, Analyse und Verarbeitung der generierten Daten sowie eine Vielzahl spezialisierter unterschiedlicher Applikations-Manager bietet, die ein flexible Kontrolle der komplexen Instrumentenkonfigurationen erlauben.
Neben der automatisierten Analyse der Fragmentspektren mittels der Masslynx Software erfolgt besonders bei nicht eindeutigen Fragmentspektren eine manuelle Auswertung und Datenbanksuche unter Verwendung der Software MASCOT (Multiple Alignment System for Protein Sequences Based on Three-way Dynamic Programming) ( http://www.matrixscience.com )
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