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Massenspektrometrie

Schematische Darstellung der LC-MS/MS-Methode
Abbildung basierend auf:
Aebersold, R. & Mann, M. Mass spectrometry-based proteomics. Nature 422, 198-207 (2003).

Die Kombination der hohen Trennleistung von Kapillar-HPLC mit der Sensitivität einer Nanospray-ESI-Quelle erlaubt die Analyse auch hochkomplexer Peptidmischungen. Wir setzen diese Technik in Verbindung mit einem Tandem Q-TOF (Quadrupole-Time-of-Flight) Massenspektometer ein, welches die Möglichkeit zur direkten Identifizierung von Peptiden durch die Generierung hochqualitativer Fragmentspektren ausgewählter Peptid-Ionen bietet. Diese MS/MS- Fragmentspektren können teilweise vollautomatisch ausgewertet werden, wobei im Falle von nicht-eindeutigen Spektren eine manuelle Auswertung unabdingbar ist. Die Spektren und die daraus gewonnenen Sequenzinformationen können für die direkte Suche in Datenbanken zur Identifizierung der gesuchten Proteine verwendet werden.