Angebote und Service

Beratung:

Jede wissenschaftliche Fragestellung erfordert den Einsatz speziell darauf zugeschnittener Techniken. Um die jeweils angemessenen Methoden zu definieren, bietet die Core Facility eine kompetete und kostenlose Beratung zu allen Fragestellungen der Proteinaufreinigung und -Identifizierung. Die Beratung umfasst Fragen zu experimentellem Design, Probenvorbereitung, Zeitbedarf und Kosten für das jeweilige Projekt.

Proteinaufreinigung:

Für die Identifizierung und Charakterisierung von Proteinen ist eine effiziente Aufreinigung fast immer erforderlich. Wir bieten Unterstützung bei der Auswahl geeigneter Trennverfahren und der Etablierung von Aufreinigungsstrategien. Die Core Facility verfügt über ein breites Spektrum unterschiedlicher Trennsäulen, die eine Isolierung von Proteinen im Bereich von wenigen µg bis zu 500 mg ermöglichen. So kann die jeweilige Aufreinigungsstrategie auf die speziellen Anforderungen des Nutzers zugeschnitten und optimiert werden. Nach erfolgter Einführung in die Bedienung der ÄKTA-Purifier, ÄKTA-FPLC und SMART können diese nach Absprache auch außerhalb der Öffnungszeiten von den Nutzern nach Eintragung in den Terminkalender in Anspruch genommen werden.

Massenspektrometrie:

Die Core Facility bietet verschiedene Dienstleistungen im Bereich Massenspektrometrie an, da die Bedienung des Gerätes sowie die Auswertung der gewonnenen Daten eine lange Einarbeitungszeit erfordern, erfolgt die Bedienung dieses Gerätes ausschließlich durch Mitarbeiter der Core Facility.

Wir bieten folgende Serviceleistungen an:

Hochauflösende Molekulargewichtsbestimmung von Peptiden und anderen Proben

• von aufgereinigten Proben in Lösung, es wird eine Massengenauigkeit von ≤ 5 ppm durch nano-Lockspray erreicht. Die erforderliche Probenmenge bewegt sich im Bereich von 100 fmol (für Peptide)

Protein Identifikation mit Hilfe von nano-LC/MS/MS

• als Ausgangsmaterial sind Coomassie oder Zink gefärbte ausgeschnittene Gelbanden am besten geeignet, eine Identifizierung ist auch möglich von Proben, die in Lösung vorliegen. Die Identifizierung erfolgt durch tryptischen Verdau und massenspektrometrische Analyse des Peptid-Fragmentmusters, dieses wird dann für eine automatisierte Datenbankabfrage verwendet. Dieses Vorgehen liefert oft nur dann eindeutige Ergebnisse, wenn das zu identifizierende Protein hochaufgereinigt in den tryptischen Verdau eingesetzt wurde. Durch die hohe erzielbare Massengenauigkeit (standardmäßig im Bereich von 5 ppm) in Verbindung mit der Sequenzinformation einzelner Fragmentspektren ist eine eindeutige Identifizierung der in der probe vorliegenden Proteine in den meisten Fällen möglich. Die erforderliche Probenmenge bewegt sich normalerweise im Bereich von 10 ng für Zink-gefärbte Gelbanden – im Einzelfall können jedoch auch 3 ng ausreichend sein.

Isolierung und Identifikation MHC-Klasse I gebundener Peptide

(Service und weitere Informationen verfügbar voraussichtlich ab 06/2006)

Mapping von Post-Translationellen Modifikationen mit nano-LC/MS/MS

• möglich von Coomassie gefärbten Gelbanden oder hochaufgereinigten Proteinen (Detektion von Ubiquitinylierungen, Phosphorylierungen etc.) (Service und weitere Informationen verfügbar voraussichtlich ab 09/2006)