Die JGU hat in den vergangenen Jahren in allen Fächern, mit Ausnahme der durch bundesweite Vorgaben geregelten Studiengänge (Rechtswissenschaft, Humanmedizin und Pharmazie) sowie der Freien Bildenden Kunst, modularisierte Bachelor- und Master-Studiengänge eingerichtet. Hinzu kommt ein differenziertes Angebot an Promotionsstudien.

Als erste deutsche Hochschule hat die JGU das Verfahren der Systemakkreditierung erfolgreich durchlaufen und kann seit März 2011 ihre Studiengänge selbständig (re-)akkreditieren.

Derzeit stehen 95 Bachelor- und 101 Master-Studiengänge sowie rund 200 Möglichkeiten der Fächerkombination im gymnasialen Lehramt (B.Ed. und M.Ed.) zur Verfügung. Um diese Fächerkombinationen überschneidungsfrei anbieten zu können, hat die JGU auf der Grundlage externer Expertise erfolgreich ein sogenanntes "Zeitfenstermodell" eingeführt.

Dieses breit gefächerte, attraktive Studienangebot, das den Charakter der JGU als Volluniversität widerspiegelt, nutzt drei unterschiedliche Studiengangmodelle. Neben Ein- und Zweifach-Studiengängen wurde vor allem für vormalige Magisterstudiengänge die Möglichkeit eröffnet, mit integrierten Studiengängen ihr Fachangebot an der JGU nicht nur zu erhalten, sondern an der Schnittstelle zwischen Disziplinen auch weiterzuentwickeln. Unterstützt wird diese Ausrichtung durch fächer- und fachkulturübergreifende Lehrangebote, u.a. des Studium generale zu Fragen der Interkulturalität und zu fachübergreifenden Aspekten der Wissenschafts- und Methodenlehre.

Die Ergebnisse der Absolventenstudien der vergangenen Jahre zeigen, dass für Studierende der JGU nach dem Examen sehr rasch der Übergang in einen Beruf gelingt, wobei die fachnahe Berufseinmündung hervorzuheben ist.