Univ.-Prof. BERTIL SCHMIDT, Ph.D.
Professor für Parallele und Verteilte Architekturen
Bertil Schmidt, Jahrgang 1971, studierte Informatik an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel. Nach seinem Abschluss mit Auszeichnung arbeitete er zunächst als Softwareentwickler und war anschließend als Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl für Informatik I an der Rheinisch-Westfälischen Technischen Hochschule Aachen und später am Institut für Angewandte Informatik und Formale Beschreibungsverfahren des Karlsruher Instituts für Technologie tätig. Für seine Promotion mit dem Titel "Algorithm Design on the Instruction Systolic Array" ging er 1999 an die Loughborough University in Großbritannien. Nach seinem PhD-Abschluss wechselte er an die Nanyang Technological University (NTU) in Singapur, wo er insgesamt zehn Jahre forschte und lehrte; zuletzt als Associate Professor an der School of Computer Engineering. Er baute an der NTU eine international anerkannte Forschungsgruppe auf und etablierte den interdisziplinären Masterstudiengang Bioinformatics. Zudem folgte er einem Ruf als Associate Professor an die University of New South Wales in Australien und arbeitete als Senior Researcher an der australischen University of Melbourne.
Seit vielen Jahren vertritt er in Forschung und Lehre den Bereich Parallele und Verteilte Architekturen sowie deren Anwendung im interdisziplinären Hochleistungsrechnen. Die Wurzeln der wissenschaftlichen Arbeit von Bertil Schmidt liegen im Bereich der programmierbaren integrierten Schaltungen, mit denen ein Höchstmaß an Parallelität bei der Lösung zahlreicher Algorithmischer Probleme erzielt werden kann. Auch beschäftigt er sich mit der Entwicklung und Implementierung paralleler Algorithmen auf Multicore und Manycore-Architekturen. Sein Hauptinteresse gilt Hochdurchsatzverfahren im Bereich der Bioinformatik, bspw. der molekularen Sequenzanalyse, der Assemblierung von Genomen und der Metagenomik. In den letzten Jahren hat er eine Reihe von Resultaten in den Bereichen Rekonfigurierbare Architekturen, SIMD Architekturen, GPGPU, Multi/Many-Core Computing, Grid- und Cluster-Architekturen sowie deren Anwendungen für die naturwissenschaftliche Forschung – bspw. in der molekularen Sequenzanalyse, Immunologie, Strukturvorhersage und Simulation molekularer Interaktionen – erzielt. Durch seine Forschungsarbeiten, Publikationen in führenden Zeitschriften sowie Vorträge auf zahlreichen Konferenzen hat sich Bertil Schmidt im Bereich der Angewandten Informatik international ausgewiesen.
Seine geplanten Forschungsvorhaben an der Johannes Gutenberg-Universität Mainz werden insbesondere in der Anwendung von GPUs, GPU-Clustern und Cloud Computing zur Lösung von Problemen in der Verarbeitung von Next-Generation Sequencing Daten. Hierbei ist der Entwurf von skalierbaren Algorithmen und Werkzeugen in interdisziplinärer Zusammenarbeit von besonderem Interesse.
Wissenschaftlicher Werdegang
2011Berufung zum Universitätsprofessor auf Lebenszeit für Parallele und Verteilte Architekturen an die Johannes Gutenberg-Universität Mainz
2008-2011
Associate Professor an der School of Computer Engineering der Nanyang Technological University, Singapur
2008
Senior Researcher an der University of Melbourne, Australien
2007
Associate Professor for Computer Science and Engineering an der University of New South Wales, Australien
2006
Programmdirektor des Master of Science in Bioinformatics an der Nanyang Technological University, Singapur
2003-2005
Stellvertretender Direktor des Biomedical Engineering Research Centre der Nanyang Technological University, Singapur
2001-2006
Assistant Professor an der School of Computer Engineering der Nanyang Technological University, Singapur
1999-2001
Research Fellow an der School of Computer Engineering der Nanyang Technological University, Singapur
1999
PhD in Informatik an der Loughborough University, Großbritannien
Titel der Dissertation: "Algorithm Design on the Instruction Systolic Array"
1998-1999
Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Karlsruher Institut für Technologie
1997-1998
Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Rheinisch-Westfälischen Technischen Hochschule Aachen
1995
Diplom-Abschluss (mit Auszeichnung) an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel
Titel der Diplomarbeit: "Erweiterung des Ahmad’schen Attentionsmechanismus"
1990-1995
Studium der Informatik an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel
Zum SeitenanfangProfessionelle Projektleitung und -beratung / Industrieerfahrung
2007Progeniq Pte Ltd, Singapur
Leitung der drei Entwicklungsprojekte
- "Entwicklung eines Spezialrechners für BLAST"
- "Entwicklung eines Spezialrechners für Spracherkennung"
- "Ray Tracing auf SGI RASC RC 100 (Altix4000)"
2005
Progeniq Pte Ltd, Singapur
Leitung des Projektes "Biologische Sequenzanalyse auf FPGAs"
2004-2005
Matrixview Ltd, Singapur
Projekt: "Evaluierung von Plattformen für medizinische Bildkompression in Echtzeit"
2002
Helixense Pte Ltd, Singapur
Projekt: "Entwicklung eines Workflow Systems für Bioinformatik auf PC Netzwerken"
1998
Siemens AG, München
Projekt: "Design eines Hardware-Beschleunigers für Videokompression mit dem H.263 Standard"
1996-1997
Softwareentwickler, ISATEC Soft- und Hardware GmbH (Kiel)
Aufgabenfeld: Entwicklung von parallelen Anwendungen auf Systola 1024
Lehr- und Forschungsschwerpunkte
- Entwicklung und Implementierung skalierbarer paralleler Algorithmen auf GPUs, GPU Clustern und hybriden Architekturen
- CUDA und OpenCL
- Molekularen Sequenzanalyse
- Next-Generation Sequencing
- High Performance Computing (HPC)
- Cloud Computing
- HPC für Kryptographie
Publikationen (Auswahl)
- in Druck: W. Liu, B. Schmidt, W. Mueller-Wittig: CUDA-BLASTP: Accelerating BLASTP on CUDA-enabled Graphics Hardware, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, doi: 10.1109/TCBB.2011.33
- B. Schmidt, H. Aribowo, H.V. Dang: Iterative Sparse Matrix-Vector Multiplication for Integer Factorization on GPUs, Proc. Euro-Par 2011, Springer LNCS 6853 (2011)
- H. Shi, B. Schmidt, W. Liu, W. Mueller-Wittig: Parallel Mutual Information Estimation for Inferring Gene Regulatory Networks on GPUs, BMC Research Notes 4:189 (2011)
- Y. Liu, B. Schmidt, D. Maskell: DecGPU: distributed error correction on massively parallel graphics processing units using CUDA and MPI, BMC Bioinformatics, 12:85 (2011)
- L. Kuttippurathu, M Hsing, Y. Liu, B. Schmidt, D. Maskell, K. Lee, A. He, W.T. Pu, S.W. Kong: CompleteMOTIFs: DNA motif discovery platform for transcription factor binding experiments, Bioinformatics, 27, 5 (2011)
- Y. Liu, B. Schmidt, D. Maskell: MSAProbs: multiple sequence alignment based on pair hidden Markov models and partition function posterior probabilities, Bioinformatics, 26, 16 (2010)
- H. Shi, B. Schmidt, W. Liu, W. Mueller-Wittig: A Parallel Algorithm for Error Correction in High-Throughput Short-Read Data on CUDA-enabled Graphics Hardware, Journal of Computational Biology, 17, 4 (2010)
- Y. Liu, B. Schmidt, W. Liu, D. Maskell: CUDA-MEME: Accelerating Motif Discovery in Biological Sequences Using CUDA-enabled Graphics Processing Units, Pattern Recognition Letters, 31, 14 (2010)
- J. Schroder, H. Schroder, S. Puglisi, R. Sinha, B. Schmidt: SHREC: A short-read error correction method, Bioinformatics, 25, 17 (2009)
- B. Schmidt, R. Sinha, B. Beresford-Smith, S. Puglisi: A Fast Hybrid Short Read Fragment Assembly Algorithm, Bioinformatics, 25, 17 (2009)
- B. Schmidt et al.: CUDASW++: Optimizing Smith-Waterman sequence database searches for CUDA-enabled graphics possessing units, BMC Research Notes 2, 73 (2009)
- B. Schmidt et al.: CBESW: Sequence Alignment on the Playstation 3, BMC Bioinformatics 9, 377 (2008)
Foto: Peter Pulkowski
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Institut für Informatik
Johannes Gutenberg-Universität
D 55099 Mainz